1、代孕对胎儿不好。代孕需要使用“试管婴儿”技术，即在人工控制的环境，完成体外受精过程。这种人为干预，会使精子失去优胜劣汰的竞争机会，这会导致存在缺陷的Y 染色体，被遗传下去。为了保证成功率，医院通常采取多胎妊娠，这会进一步加大受精胚胎的残缺、早产发生率。胚胎移植之前，还必须向代孕妈妈注射大量黄体酮，以抑制子宫活动，使受精卵成功植入，并产生胎盘。然而，大量黄体酮也会导致胎儿脊柱、肛门、四肢等发生畸形，致畸率是正常怀孕的8倍。
2、对代孕方不好。代孕采用的多胎妊娠，会导致妊娠合并症更容易发生。更可怕的是，妊娠合并症并不会随着孕期结束，而彻底消失。有的病症，会跟随女性一生。由于代孕女性并非自然怀孕，出现流产、早产的风险，会比正常孕妇大得多。如果中途由于胚胎不好，代孕失败，代孕方必须面临流产。
3、会带来伦理危机。按照卵子的来源，代孕分两种：普通代孕和借卵代孕。普通代孕，即将不想生育、或不孕不育夫妇的受精卵，植入代孕方的子宫。由于孩子具备委托方夫妻双方的基因，法律可以判定，这个孩子是委托方夫妇的婚生子女。而借卵代孕，则是将委托方丈夫的精子，和其他女子的卵子，结合成受精卵，并植入代孕方的子宫。按照法律规定，这种类型的“代孕子女”便属于“非婚生子女”。
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