上海交通大学建筑工程专业设立于1907年，是中国历史上最早设立的土木工程专业之一。1952年全国院系调整时，全系师生并入同济大学。1985年上海交通大学恢复建立土木建筑工程系，1993年土木建筑工程系开设建筑学专业，并于当年开始招生。1998年建筑学专业与工业设计系联合建立设计艺术硕士点。2002年从建筑工程系分出，单独建系。2004年5月13日，上海交通大学正式批复新合并的船舶海洋与建筑工程学院成立建筑学系。
2006年交大建筑系首次参加并通过全国建筑学专业指导委员会组织的专业评估，取得建筑学学位授予权，并成为上海市建筑学会常务理事单位、上海市景观学会副理事长单位。截至2013学年，建筑学系设有建筑学本科专业和建筑学科一级学科硕士点。
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